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3月，红河卷烟厂荣获中国企业届联合会（原中国企业管理协会）授予的“中国企业管理杰出贡献奖”。
4月15日，发展研究中心名誉主任、经济学家马洪到厂调研。他在座谈讲话时说：“红河卷烟厂代表了中国二十一世纪的工厂形象”。
4月，启动全员计算机操作培训，共有1555人参加。
6月1日《红烟报》更名为《红烟时报》。
6月，企业红烟党委明确提出，在红烟向更高水平发展迈进的关键时期，必须从价值理念和管理机制上防范“好企业病”和“大企业病”的滋生和蔓延，避免重蹈一些企业由强到衰的覆辙。
8月19日，全国公共关系协会授予红河卷烟厂“公共关系楷模”称号，并由会长李道豫（原中国常驻联合国大使、第49任驻美国大使）为红河卷烟厂颁发了奖牌。
8月，成功组织企业车辆拍卖，共拍卖汽车72台。
11月，红河卷烟厂与昆明船舶公司联合研制开发的物流自动化仓库系统，正式建成并通过验收。该系统包括辅料、配方、成品和配件四个自动化系统。
11月，红河卷烟厂与昆明船舶公司联合研制开发的物流自动化系统通过验收（2003年获国家科学技术进步二等奖）。
11月13—14日，全厂管理人员、机关科室人员共600多人参加岗位达标考试。
12月15日，《红河时报》更名为《红河烟草》。
从上半年开始，陆续撤销了红烟卫生所、幼儿园、车队，下半年又撤销了劳动服务公司，陆续剥离保卫、洗涤、绿化、餐饮等社会职能。对公务用车进行公开拍卖，对全州烟草系统内公费安装的住宅电话和移动电话进行了清理、整顿。
2000年8月21日，红河卷烟厂被列为1999年度云南省工业企业管理评价大一型企业。
9月，红河精品88、99投放市场。
12月30、31日，红河卷烟厂举行竞争上岗考试，考试分业内知识、综合知识和论文卷三场进行，共有270人参加。
2001年3月，红烟开始实行扁平化职能运行制度。
6月，在厂内启动红烟企业文化对话活动。
11月17日，“红河” 牌卷烟被国家烟草专卖局评为“2001年全国名优卷烟品牌”。在全国名优卷烟品牌中“红河”名列第六。
12月25日，红河卷烟厂被国家工商行政管理总局优选为全国500家“重合同守信用”先进企业之一。
2002年3月，全员“认识红烟”研讨活动启动，这不仅是一次系统认识红烟、研究红烟的良机，更是一次深刻转变思想观念，进行自我认识、自我教育的机会。随后，全员写作、全员研究、全员转型等深深地影响和改变了红烟人的工作方式和行为。
5月，由我厂出资兴建的庆来公园开园。
7月5日上午，红烟退养协会成立，共有442名退养员工加入了协会。
9月1日，国家质量监督检验检疫总局在召开“中国暨质量管理先进表彰大会”，“红河”牌卷烟以第四名的排名入围“中国”产品；厂长邱建康同志获“全国质量管理突出贡献”奖。
11月22～24日在北京的中国烟草交易中心参加2003年上半年卷烟订货会，签下了30.3万箱的合同，比上期交易会的27.9万箱增加了2.4万箱，首次突破30万大箱的签订量。
12月12日，举行了《红河卷烟厂集体合同》签订仪式。
当年，红河牌卷烟以第四名的排名入围“中国”产品。
2003年1月7日，红河州烟草专卖局、云南省烟草红河州公司与红河卷烟厂分开，红河卷烟厂按独立的工业企业建制运行。
1月，红河卷烟厂荣获国家工商行政管理总局颁发的“全国守合同重信用企业”证书。
1月31日，红河卷烟厂“物流自动化系统”工程荣获“国家科学技术进步二等奖”。
3月12日，红河卷烟厂历时9个月的“西汽东送”工程（拆除主厂区锅炉，全厂蒸汽经保温管道由复烤车间锅炉负责供应）圆满完成，并投入正常运行。
5月，红河卷烟厂与红河州烟草公司共同投资组建了湖泉酒店有限公司（后更名为云南红河投资有限公司）；湖泉生态园开园。
7月25日，由中国企业家论坛和云南省人民政府共同主办、红河卷烟厂和云南红酒业有限公司共同协办的中国企业家论坛首届弥勒论坛。
9月21日，越南国家主席陈德良携夫人、驻华大使陈文律等一行10余人到红河卷烟厂访问。
10月14日，红河卷烟厂获得玉元高速公路连续钢构世界高桥“红河大桥”冠名权。