把保函与跟单信用证相比，当事人的权利和义务基本相同，所不同的是跟单信用证要求受益人提交的单据是包括运输单据在内的商业单据，而保函要求的单据实际上是受益人出具的关于委托人违约的声明或证明。这一区别，使两者适用范围有了很大的不同，保函可适用于各种经济交易中，为契约的一方向另一方提供担保。另外，如果委托人没有违约，保函的担保人就不必为承担赔偿责任而付款。而信用证的开证行则必须先行付款。
委托人与银行之间的法律关系是基于双方签订的《保函委托书》而产生的委托担保关系。《保函委托书》中应对担保债务的内容、数额、担保种类、保证金的交存、手续费的收取、银行开立保函的条件、时间、担保期间、双方违约责任、合同的变更、解除等内容予以详细约定，以明确委托人与银行的权利义务。《保函委托书》是银行向委托人收取手续费及履行保证责任后向其追偿的凭证。因此，银行在接到委托人的担保申请后，要对委托人的资信、债务及担保的内容和经营风险进行认真的评估审查，以限度降低自身风险。
根据委托书和反担保形成的追偿权。首先，委托人向担保行出具的委托书中应明确记载二项重要内容：一是委托担保行出具见索即付银行保函，二是承诺一旦担保人依据保函承担付款责任，委托人应无条件立即予以补偿。
根据代位求偿权而形成的追偿权。代位求偿权是保证人根据保函的规定履行保证义务后而取得的受益人依基础合同对委托人所拥有的一切权力。代位求偿权除基础合同权利外，还包括受益人所拥有的各种担保物权或对同意为被担保人的债务承担责任的其他人的追偿权，如在委托人的财产上设立的担保物权和由第三人以保证或其它担保方式提供的各种担保权益。