现在三证合一虽然方便办证了，实际上还会遇到很多问题比如，企业领到“三证合一”的营业执照后，到银行办理基本账户登记、到公安部门办理企业车辆入户手续、到外事管理机构办理企业员工因公出境手续等业务，均被告知还需要单独的税务登记证或组织机构代码证，企业只能再回到登记窗口，重新办理组织机构代码证或税务登记证。
推进“三证合一”不是工商部门一家之事，涉及与质监、国税、地税等诸多部门的协同合作。从实际情况看，“三证合一”改革在基层推行，尚有一些管理架构需要理顺，影响了“三证合一”改革的效果。笔者以为，确保“三证合一”落实到位，必须进一步加强地方政府的主导作用。只有政府“挂帅”，统一指挥，才能保证政令畅通，落实不打折扣。
未注册商标的另一个弱点是，一旦他人将该商标抢先注册，该商标的使用人反而不能再使用该商标，这方面的教训是非常深刻的。根据中国《商标法》，商标专用权的原始取得只有通过商标注册取得，而申请商标注册，又采用申请在先原则，即对一个未注册商标来讲，谁先申请注册，该商标的专用权就授予谁。因此，不管一个企业使用一个商标多久，如果它没有将该商标注册，那么，只要别人将该商标申请注册，商标专用权就会授予别人。
使用未注册商标，不管本意如何，总是存在侵犯他人注册商标专用权的可能性。侵权就要受处罚，就要赔偿经济损失，就要影响企业的生产经营活动。为了企业的正常经营、为了企业的发展、也为了尊重他人注册商标专用权起见，使用未注册商标的企业应当申请商标注册。