注册会计师在这个审计阶段，实质上是对企业依据内控制度所进行的经营活动和实施管理行为的合法性进行评价裁定，从而使企业行为得到规范，并步入良性发展的道路。 在资本市场上，会计师事务所通过向社会披露募股公司的资产重组计划、募集资金的用途、预期收益等信息，引导股民的资本投向。

注册会计师对企业进行独立审计，首先要对企业遵守制度情况进行符合性测试，并对企业的内部控制制度进行评价。一方面对企业的内控制度是否遵守一贯性原则发表意见;另一方面判断企业的财务报告是否在所有重大方面公允地反映了企业的财务状况、经营成果和资金变动情况。从而确定抽样审计的范围、样本数量和审计重点。

会计事务所的部门从大的角度来说主要分两块：一块是业务部门，主要有主要的审计部门，以及企业风险管理部、税务部和咨询部(分为管理咨询和财务咨询)等等。另一块就是后勤部门，主要包括人力、财务等。

在事务所执业的项目负责人、项目经理都是已经取得注册会计师证书的注册会计师，他们是事务所的核心人物，另外聘用大量的审计助理，做具体审计工作，实际工作一般都相当累，时间长任务重，出差多工作量大。项目结束后审计报告由注册会计师出具并签字。