无菌实验室应有内、外两间，内间是无菌室，外间是缓冲室。所有的房间面积不宜过大，吊顶不宜过高，以便空气。
无菌试验室、生物实验室必须保证人身、环境、废弃物和样本，能长期而地运行，同时还为需要实验室工作人员提供一个舒适、而良好的工作环境。
无菌实验室应每次使用前后用0.1%苯扎溴铵溶液或2%甲醛液擦拭工作台面及可能污染的死角，湿拖地面，打开无菌空气过滤器及超净工作台的开关30分钟，紫外线灯照射1小时。
供试品表面，如为安瓿先用砂轮划痕后用2%碘酒棉球擦拭，再用75%乙醇棉球擦拭、待干，也可以用液浸泡。
注射器如需回抽时，应对着火焰吸入无菌空气。
在无菌操作中切勿大幅度或快速动作、拖行，以免搅动空气中尘埃微粒。
所用的器材如培养基、稀释剂配制后经湿热121℃30分钟，吸管培养皿等均应洗涤，干燥，包扎后经干热160℃2小时才能使用。
实验室布局按照要求合理地划分成清洁区、半污染区和污染区，采用人与物分别设置专用通道，设置必要的缓冲间，采用一次隔离和二次隔离等措施，能有效的避免交叉污染，从根本上防止危险性微生物的扩散;实验室装修采用可靠的材料，合理的施工措施，保证洁净实验室-生物实验室始终处于相对密封的环境，防止微生物的外逸，易于实验室的清洁，同时避免外部对实验室环境的破坏。