预付款保函的作用作用：担保人向业主开具预付款保函后，业主才能根据合同规定，按合同总价的10%～15%（具体按照双方协议）预付给承包人，以便中标人购买有关设备材料等。其责任主要是承包商应在规定的期限内偿还预付款。预付款保函的期限由双方共同商定。预付款一般逐月按工程进度从工程支付款中扣还，而预付款保函的金额将逐月地相应减少，开具保函时应注意写明。预付款是有正反作用的，好的一面是，当施工单位拿到预付款，会更积极的开展工作，而且由于不垫资，不存在资金断裂的风险，从而更保障工程的顺利建设；坏的一面是，如果施工单位心态不好，觉得反正钱已经进口袋了，做事就开始变形，拖拖拉拉甚至找理由要更多的钱。
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在招投标过程中，很多招标文件会有如下规定：投标保证金的形式：银行保函。那这个银行保函是什么意思呢？
这里的银行保函是指由银行开具的银行投标保函，由开具的银行以自身信用为担保，向受益人承诺，如果被担保人在投标过程中违反了保函的相关约定，需要缴纳违约金的，则由银行代为缴纳。一般银行保函可以在企业有授信的银行进行办理，如果企业没有银行授信，则可以通过担保公司代办。
预付款保函在国际承包业务中使用时，是由承包人通过银行向业主提供。保证书规定，如申请人不履行他与受益人订立的合同的义务，不将受益人预付、支付的款项退还或还款给受益人，则由银行向受益人退还该款项。
预付款保函除在国际工程承包项目中使用外，也适用于货物进出口、劳务合作和技术贸易等业务。例如，在成套设备及大型交通工具的合同中，通常采用带有预付性质的分期付款或延期付款支付部分价款。在这种交易中，进口人在签订合同后，向出口人开立履约保证书，由银行保证进口人按合同规定按期支付价款，同时，出口人也向对方开立还款保证书。如出口人不能按期交货，银行保证及时偿还进口人已付款项的本金及所产生的利息。
办理工程保函存在的主要问题
1.在投标或签订合同时不被重视，也就是保函的可实施性不被重视。保函作为担保的一种，其主要功能是保障受益人在对方违约情况下的权益，承包方一旦违约，业主可以以开具的保函索赔，从承包方银行账户上把资金划走。
2.在投标或签订合同时没有考虑办理保函的成本和风险。目前业主要求提供的工程保函大部分是银行为担保人的银行保函，企业向银行提出申请办理银行保函需要交纳一定比例的保证金，这部分保证金只有在银行保函退还给银行以后才能使用，这无形当中影响了企业的现金流量，增加了支付风险，同时企业的机会成本增大；银行保函与银行商业信用相关联，一旦违约，将会损害到企业的银行信用，从而影响到其后续的融资、经营等经济活动，这样就会产生与损害建筑市场信用类似的后果。
3.在签订合同时没有规范保函的内容。工程双方应该在合同招投标阶段即约定好担保书的格式、内容等，特别是索赔程序和保函有效期约定。在招投标阶段即开始规范保函可以使投标人提前对保函能否响应进行自我评估，合同签订后，双方不得再对其做实质性的更改。坚决避免合同谈判时甚至合同签订后才讨论担保的事宜。
4.在签订合同时合同条款不对等。承包方在提供工程履约保函给业主时，业主也应该相应地提供给承包方付款保函，目前国内签订的工程合同大部分只约定了承包方需向业主提供履约保函，而没有约定业主需向承包方提供付款保函。