无菌室一般是在微生物实验室内专辟一个小房间。可以用板材和玻璃建造。面积不宜过大，约 4 — 5 平方米即可，高 2.5 米左右。无菌室外要设一个缓冲间，缓冲间的门和无菌室的门不要朝向同一方向，以免气流带进杂菌。无菌室和缓冲间都必须密闭。室内装备的换气设备必须有空气过滤装置。
通过NICOLER技术的改良，使车间达到无尘无菌的新高度。
室内空气参数要求 ：
(1)温湿度要求：温度一般为24+2℃，相对湿度为55+5%。
(2)新风量大。由于这类车间内，人员比较多，可以根据以下数值应取下列的值：非单向流洁净室总送风量的10-30%;补偿室内排风和保持室内正压值所需的新鲜空气量;保证室内每人每小时的新鲜 空气量≥40m3/h。
(3)送风量大。为了满足洁净室内的洁净度及热湿平衡，需要较大的送风量，就300平方米的车间，吊顶高度为2.5米的，如果是万级，送风量就需要300×2.5×30=22500m3/h的送风量(换气次数，是≥25次/h);如果是十万级，送风量就需要300×2.5×20=15000m3/h的送风量(换气次数，是≥15次/h)。
1.无菌室应设有无菌操作间和缓冲间，无菌操作间洁净度应达到10000级，室内温度保持在18-24℃，湿度保持在45-65%。超净台洁净度应达到100级。
2.无菌室应保持清洁，严禁堆放杂物，以防污染。
3.严防一切器材和培养基污染，已污染者应停止使用。
4.无菌室应备有工作浓度的液，如5%的甲酚溶液，75%的酒精，0.1%的新洁尔灭溶液，等等。
参照《药品卫生检验方法》 《中国药品检验标准操作规范》中 (无菌检查法)章节 中华人民共和国医药行业标准 YY/T0188.6-1995《药品检验操作规程》
无菌室使用前必须打开无菌室的紫外灯辐照30分钟以上，并且同时打开超净台进行吹风。操作完毕，应及时清理无菌室，再用紫外灯辐照30分钟。
供试品在检查前，应保持外包装完整，不得开启，以防污染。检查前，用75%的酒精棉球外表面。
每次操作过程中，均应做阴性对照，以检查无菌操作的可靠性。
吸取菌液时，必须用吸耳球吸取，切勿直接用口接触吸管。
接种针每次使用前后，必须通过火焰灼烧，待冷却后，方可接种培养物。
带有菌液的吸管，试管，培养皿等器皿应浸泡在盛有5%来苏尔溶液的桶内，24小时后取出冲洗。
凡带有活菌的物品，必须经后，才能在水下冲洗，严禁污染下水道。