医药洁净工程史上的初个洁净室建于1966年在美国，当时已有实验证明，一定量的空气微粒进入到人体血液中会引发一系列的并发症，所以该洁净室主要用于医院的外科手术室工程。手术环境解决后，人们又把目光转移到制药工程上，因为含有的一旦进入人体，也会引起人体的病变反应，所以制药洁净室工程的建立也被划入了医学研究范围。
手术室工程完成后医生的护理也比较重要，手术护理主要从下面两点来进行：
其一是手术护理：手术室的护理非常重要，在进行护理之前一定要保障护理的。护理人员要严格执行查对制度，对患者的病历、腕带、手术通知、切口标识进行准确的核对，交接班一定要认真。在搬运患者的过程中，动作要轻、稳，注意不要碰到患者的损伤部位。在手术过程中，用药、输血均要进行严格的检查核对，使用过的药瓶、储血袋等在手术完成后经过核对清楚才能丢弃。手术中所需的器械、物品等也必须经过严格的检查等等。手术室的护理工作是保障手术能够有效进行的重要基础，对于手术的进行有着非常重要的作用。
单向流洁净室一般有两种类型，即水平流和垂直流。在水平流系统中，气流是从一面墙流向另一面墙。在垂直流系统中，气流是从吊顶流向地面。对要求洁净室的悬浮粒子浓度或微生物浓度更低的场合，就使用单向气流。以前称这类洁净室为“层流”洁净室。单向流和层流的名称均说明了其气流的状况：气流以一个方向流动（或是垂直的或是水平的），并以一般是0.3米/秒至0.5米/秒（60英尺/分钟至100英尺/分钟）的均速流过整个空间。由满布洁净室吊顶的过滤器向室内送风。气流有如一个空气活塞，向下流经室内，带走污染物，然后从地面排出。又在与外部的一些新鲜空气混合后，再循环至过滤器。
洁净室中由于静电引起的的事故屡有发生，因此洁净室的防静电能力如何已成为评价其质量的一个不可忽视的方面。
医药洁净工程为了保障医药产品的质量，防止在生产过程中环境中的污染源对产品进行污染，洁净车间必须满足医药生产规定的环境参数要求。医药工业厂房空气洁净度主要分为3个等级，100级（含尘浓度≦3500个/ m，含菌浓度≦5个/ m）、10000级（含尘浓度≦350000个/ m，含菌浓度≦100个/ m）和100000级（含尘浓度≦3500000个/ m，含菌浓度≦500个/ m），不同的区域等级不同。