灌装产品的无菌
食品物料的分为热力和冷。目前主要以热力为主，其又分和高温短时两种，物料的冷方法主要指紫外线和微波。简单解释如下：
（1）是指在温度和时间分别为135-150℃和2-8秒的条件下，对乳品或其他饮料进行处理的一种工艺。
（2）对有蒸煮味的物料可采用高温短时，在温度为70-75℃和时间为15-20s的条件下进行处理。
（3）冷方法是指采用紫外线、辐射、微波照射等以达到目的。
灌装环境的无菌
（1）无菌灌装环境首先要确保的是设备无菌，主要方法有加热法和化学法。
（2）对敞开式无菌灌装机而言，在无菌充填之前，灌装机内与产品接触的表面经过。其是通过灌装机自身产生的无菌热空气（或无菌热蒸汽）来实现的。在过程中，无菌热空气直接接触灌装机与产品接触的表面进行。
（3）封闭式无菌灌装机的只通过无菌热空气是不够的，还要保证封闭空间的无菌，即无菌室的。
（4）生产前，无菌室一般用双氧水喷雾和无菌空气的干燥来实现，无菌空气是通过灌装机内的无菌空气加热器将其加热至一定温度所得到的。
（5）时，液态双氧水喷射至无菌热空气中并瞬时蒸发，这样无菌空气和双氧水气体的混合物进入无菌室进行，冷凝在内表面的双氧水通过无菌热空气进行干燥，从而完成无菌室的。
（6）作为环境的一般采用洗涤、加热、和紫外线照射等措施，对与饮料相接触的装置和整个容器表面进行处理，空间环境则多采用，整个灌装系统无菌状态的维持则靠进入无菌空气并使整个系统保持一定的正压，以阻止外部空气中微生物侵入。
（7）设备停机时微生物会繁殖，可能导致大量微生物不能充分杀死。因此设备在清洗后应尽量抽干，以便没有水或溶液残留。
灌装封口
灌装封口对无菌灌装来说是一个环节，也是关键的一个环节，其直接影响产品的灌装品质和储存期。其要求是一方面能防止微生物和气体或水蒸汽侵入，另一方面是不能让产品自身的气味和原液溢出。
多数无菌灌装封口采用热封、超声波或胶片、气封，有些用折叠、项合封口，封口时注意压力应均匀分布于密封表面；封口过程的条件如封口温度、时间、压力有界限，并能控制；封口表面应避免产品或其它污物污染；封口位置准确，特别是热成型/灌装/封口同机进行情况下，更应防止封口位置发生偏差。
无尘车间内的工艺设备应选料精良，光洁耐磨，那些转动、滑动部位格外重要，要尽可能地减少磨损及产尘。对于那些产尘的工艺过程要尽可能地将其封闭或设置围挡，并辅以排风，形成局部范围相对于无尘车间的负压，以限制污染物向无尘车间其他区域扩散。
对室内的机器设备定期地进行清洁、擦拭是必要的制度，也是减少积尘二次飞扬的有效措施。