无菌室应每月检查菌落数。在超净工作台开启的状态下，取内径90mm的无菌培养皿若干，无菌操作分别注入融化并冷却至约45℃的营养琼脂培养基约15ml，放至凝固后，倒置于30～35℃培养箱培养48小时，证明无菌后，取平板3～5个，分别放置工作位置的左中右等处，开盖暴露30分钟后，倒置于30～35℃培养箱培养48小时，取出检查。100级洁净区平板杂菌数平均不得超过1个菌落，10000级洁净室平均不得超过3个菌落。如超过限度，应对无菌室进行彻底，直至重复检查合乎要求为止。
无菌室空气净化工程是属于生物净化工程的一种，一般无菌室要求的洁净度为万级，标准的微生物检测实验室都会专门开辟5~8个平方出来建造无菌室，无菌室只要够放置实验室样品及必需的设备即可，面积无需过大而造成浪费，面积过大对于做无菌室空气净化工程来说不仅仅是提高建造成本而已，日后的运行及维护费用也会高的令人惊讶。一般微生物检测按照实验室行业要求都需要在无菌室中进行，很多食品菌、微生物等都是在超净工作台中完成检测和化验的。
无菌室内配置了百级超净工作台也并不是所有都可以进行实验的，一般常规的菌落总数、微生物培养、血细胞培养、研究、干细胞研究、大肠菌等实验可以在百级超净台进行。但是如果需要做致病，为了达到保护实验室人员的问题，就必须得建造生物实验室，使用生物柜进行实验。该类实验不能在普通的无菌实验室中进行。
微生物检验用器材及场所必须进行或处理，不同的对象采用不同的处理方法 1． 高压蒸汽: 工作服、口罩、稀释液等，置高压锅内，一般采用121℃半小时,当然不同的培养基有不同的要求,应分别处理 2． 火焰：接种针、接种环等可直接火焰 3． 高温干燥： 各种玻璃器皿、注射器、吸管等，置于燥箱中160℃2小时 4． 一 般: 无菌室内的凳、工作台、试管架、天平、待检物容器或包装均无法进行，必须用其他方法进行处理，采用2%石炭酸或来苏儿水溶液擦拭，工作人员的手也用此法进行 5． 空气的： 开启紫外灯照射30—60分钟 即可。