无菌室应保持清洁整齐，室内仅存放必须的检验用具如酒精灯、酒精棉、火柴、镊子、接种针、接种环、玻璃铅笔等。&不要放与检测无关的物品。室内检验用具及凳桌等保持固定位置，不随便移动。每2—3周用2%石炭酸水溶液擦拭工作台、门、窗、桌、椅及地面，然后用3%石炭酸水溶液喷雾空气，后紫外灯半小时
无菌室应定期用适宜的液清洁，以保证无菌室的洁净度符合要求。 需要带入无菌室使用的仪器，器械，平皿等一切物品，均应包扎严密，并应经过适宜的方法。 工作人员进入无菌室前，必须用肥皂或液洗手，然后在缓冲间更换专用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用75%的乙醇再次擦拭双手)，方可进入无菌室进行操作。
微生物检验用器材及场所必须进行或处理，不同的对象采用不同的处理方法
1． 高压蒸汽: 工作服、口罩、稀释液等，置高压锅内，一般采用121℃半小时,当然不同的培养基有不同的要求,应分别处理
2． 火焰：接种针、接种环等可直接火焰
3． 高温干燥： 各种玻璃器皿、注射器、吸管等，置于燥箱中160℃2小时
4． 一 般: 无菌室内的凳、工作台、试管架、天平、待检物容器或包装均无法进行，必须用其他方法进行处理，采用2%石炭酸或来苏儿水溶液擦拭，工作人员的手也用此法进行
5． 空气的： 开启紫外灯照射30—60分钟 即可。
定期检查室内空气无菌状况，数应控制在10个以下，发现不符合要求时，应立即彻底。/无菌室无菌程度的测定方法：取普通肉汤琼脂平板、改良马丁培养基平板各3个（平板直径均9厘米），置无菌室各工作位置上，开盖曝露半小时，然后倒置进行培养，测总数应置37℃温箱培养48小时；测霉菌数则应置27℃温箱培养5天。`霉菌总数均不得超过10个为 。