精馏
发酵液中的低浓度乙醇需经过精馏进行浓缩。
乙醇的精馏可采用三塔两效差压蒸馏的生产方法，此方法的特点是采用多级热偶合术，分级利用系统热量，使热量的利用尽可能达到状态的功能，同时还节约了蒸汽消耗。发酵液中的低浓度乙醇经过精馏后，可得到95%（体积分数）的共沸乙醇。
发酵
乙醇发酵工艺已比较成熟，采用酿酒酵母已能较容易完成己糖发酵，但传统的酿酒酵母只 能将己糖转化成乙酵，却不能利用戊糖。
采用基因和代谢工程技术筛选出戊糖发酵菌种，可以实现对己糖和戊糖全利用。
己糖和戊糖全利用工艺可分为己糖和戊糖分开发酵和己糖、戊糖同步发酵两种流程，己糖 和戊糖分开发酵需要首先对预处理物料进行水洗分离出戊糖，此过程需要消耗大量的水，所以 一般采用己糖、戊糖同步发酵流程。
己糖、戊糖同步发酵的一般流程是在酶解液中接种共发酵菌种，发酵过程需控制在一定温度（35℃）和pH（6.0）达到一定发酵时间（约1~2天）后，得到发酵醪。
发酵醪可通过离心回收其中的菌种，发酵尾气中的乙醇可回收后进入精馏。
酶解
木质纤维素经过预处理后，需要进一步水解成可发酵糖。
传统的酸水解技术较为成熟，但酸的腐蚀性对人体有害，所需工艺条件苛刻，且增加了设备投资和生产成本。
与酸水解相比，酶解的特点是反应条件温和、无污染，因此成为普遍采用的木质纤维素水解工艺。
纤维素酶是酶解过程的催化剂，是一组能够将木质纤维素中的纤维素和半纤维素水解生成单糖的酶，纤维素酶可以通过木霉、曲霉、根霉和青霉等菌种发酵自行制备，也可以使用商品酶制剂。
中国对生物质能源利用极为重视，己连续在四个国家五年计划将生物质能利用技术的研究与应用列为重点科技攻关项目，开展了生物质能利用技术的研究与开发，如户用沼气池、节柴炕灶、薪炭林、大中型沼气工程、生物质压块成型、气化与气化发电、生物质液体燃料等，取得了多项成果。政策方面，2005年2月28日，第十届全国人民代表大会常务委员会第十四次会议通过了《可再生能源法》，2006年1月1日起已经正式实施，并于2006年陆续出台了相应的配套措施。这表明中国政府已在法律上明确了可再生能源包括生物质能在现代能源中的地位，并在政策上给予了巨大优惠支持。2007年，国家发展与改革委员会制订的《中国对应气候变化国家方案》确认，2010年后每年将通过发展生物质能源减少温室气体排放0.3亿吨CO2当量。因此，中国生物质能发展前景和投资前景极为广阔。